Настройка MySQL под Битрикс: переход на InnoDB, секция конфигурации и опоры на монитор производительности
Проверить тип таблиц, конвертировать MyISAM, править параметры только в блоке mysqld, сверять фактический профиль через mysqladmin variables и использовать отчёт «Сервер БД» платформы.